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Somewhere in the archives of cancer research sits a large pile of data that everyone was paid for and nobody looked at twice. Each time a tumour or a blood sample is sequenced, a small share of the reads belong to no human at all. They are filtered out as 'noise' and discarded. Researchers at the University of East Anglia (UEA) decided to look in that pile, and they found 18 new bacterial species in it.
En algún lugar de los archivos de la investigación oncológica hay una gran cantidad de datos por los que alguien pagó y que nadie volvió a mirar. Cada vez que se secuencia un tumor o una muestra de sangre, una pequeña parte de las lecturas no pertenece a ningún ser humano. Se filtran como «ruido» y se descartan. Investigadores de la Universidad de East Anglia (UEA) decidieron revisar ese conjunto de datos y encontraron en él 18 nuevas especies bacterianas.
The method is a kind of genetic jigsaw. The team used metagenomic assembly, which rebuilds whole genomes from short fragments of mixed genetic material, and applied it to 2,176 sequencing datasets from the Pan Prostate Cancer Group, a consortium of researchers from nine countries that holds molecular data from more than 2,000 prostate cancers. From those fragments they recovered 249 near-complete bacterial genomes from 194 patients. Twenty-four of them matched no species on record. Most of the organisms came from the mouth, and the most frequently recovered genus was Porphyromonas, which includes the main bacterium behind gum disease. The team has given formal provisional names to 16 of the new organisms, including Candidatus Porphyromonas leptis, Candidatus Treponema oralis and Candidatus Nanosyncoccus prostatocharitus. The word Candidatus marks a bacterium described from its genome alone, before anyone has managed to grow it in a lab.
El método es una especie de rompecabezas genético. El equipo utilizó el ensamblaje metagenómico, que reconstruye genomas completos a partir de fragmentos cortos de material genético mezclado, y lo aplicó a 2.176 conjuntos de datos de secuenciación del Pan Prostate Cancer Group, un consorcio de investigadores de nueve países que reúne datos moleculares de más de 2.000 cánceres de próstata. A partir de esos fragmentos recuperaron 249 genomas bacterianos casi completos de 194 pacientes. Veinticuatro de ellos no coincidían con ninguna especie registrada. La mayoría de los organismos procedían de la boca, y el género más recuperado fue Porphyromonas, que incluye la principal bacteria responsable de la enfermedad de las encías. El equipo ha asignado nombres provisionales oficiales a 16 de los nuevos organismos, entre ellos Candidatus Porphyromonas leptis, Candidatus Treponema oralis y Candidatus Nanosyncoccus prostatocharitus. La palabra Candidatus indica una bacteria descrita únicamente a partir de su genoma, antes de que alguien haya logrado cultivarla en laboratorio.
The context explains why the discovery matters. Oral bacteria are already known to play roles elsewhere in the body, and in 2022 the UEA team reported that men carrying a set of anaerobic bacteria, several from the mouth, were more than twice as likely to see their cancer progress. Bowel cancer research has gone further, treating one oral bacterium as a target. Prostate cancer has lagged, and according to lead researcher Daniel Brewer, the reason is practical: the organisms involved had never been properly characterised. "A biomarker is only useful if you can measure it," he said, "and you cannot measure an organism that has no genome and no test."
El contexto explica por qué el descubrimiento es importante. Se sabe que las bacterias orales desempeñan funciones en otras partes del cuerpo, y en 2022 el equipo de la UEA informó de que los hombres con un conjunto de bacterias anaerobias, varias de ellas de la boca, tenían más del doble de probabilidades de que su cáncer progresara. La investigación sobre el cáncer colorrectal ha avanzado más, al tomar como diana una bacteria oral. El cáncer de próstata se ha quedado atrás y, según el investigador principal Daniel Brewer, la razón es práctica: los organismos implicados nunca se habían caracterizado adecuadamente. «Un biomarcador solo es útil si se puede medir», afirmó, «y no se puede medir un organismo que no tiene genoma ni prueba».
For clinicians and researchers, the gain is concrete, though not immediate. First author Abraham Gihawi said the genomes now make it possible to develop tests for these bacteria in clinical samples, to work out how to grow them, and to study their genes. The team has already validated a DNA test that detects one species with precision. Whether any of these bacteria drive aggressive disease, and whether treating them would change the outcome, remains an open question. The study itself is described as early-stage, and the researchers say the sequencing archives of cancer centres worldwide may hold more such evidence.
Para clínicos e investigadores, la ganancia es concreta, aunque no inmediata. El primer autor, Abraham Gihawi, explicó que los genomas permiten ahora desarrollar pruebas para detectar estas bacterias en muestras clínicas, averiguar cómo cultivarlas y estudiar sus genes. El equipo ya ha validado una prueba de ADN que detecta una especie con precisión. Queda por resolver si alguna de estas bacterias provoca enfermedades agresivas y si tratarlas cambiaría el desenlace. El estudio se describe como una fase inicial, y los investigadores sostienen que los archivos de secuenciación de centros oncológicos de todo el mundo podrían contener más pruebas de este tipo.