ADN de cáncer descartado oculta 18 nuevas especies bacterianas

En algún lugar de los archivos de la investigación oncológica hay una gran cantidad de datos por los que alguien pagó y que nadie volvió a mirar. Cada vez que se secuencia un tumor o una muestra de sangre, una pequeña parte de las lecturas no pertenece a ningún ser humano. Se filtran como «ruido» y se descartan. Investigadores de la Universidad de East Anglia (UEA) decidieron revisar ese conjunto de datos y encontraron en él 18 nuevas especies bacterianas.

El método es una especie de rompecabezas genético. El equipo utilizó el ensamblaje metagenómico, que reconstruye genomas completos a partir de fragmentos cortos de material genético mezclado, y lo aplicó a 2.176 conjuntos de datos de secuenciación del Pan Prostate Cancer Group, un consorcio de investigadores de nueve países que reúne datos moleculares de más de 2.000 cánceres de próstata. A partir de esos fragmentos recuperaron 249 genomas bacterianos casi completos de 194 pacientes. Veinticuatro de ellos no coincidían con ninguna especie registrada. La mayoría de los organismos procedían de la boca, y el género más recuperado fue Porphyromonas, que incluye la principal bacteria responsable de la enfermedad de las encías. El equipo ha asignado nombres provisionales oficiales a 16 de los nuevos organismos, entre ellos Candidatus Porphyromonas leptis, Candidatus Treponema oralis y Candidatus Nanosyncoccus prostatocharitus. La palabra Candidatus indica una bacteria descrita únicamente a partir de su genoma, antes de que alguien haya logrado cultivarla en laboratorio.

El contexto explica por qué el descubrimiento es importante. Se sabe que las bacterias orales desempeñan funciones en otras partes del cuerpo, y en 2022 el equipo de la UEA informó de que los hombres con un conjunto de bacterias anaerobias, varias de ellas de la boca, tenían más del doble de probabilidades de que su cáncer progresara. La investigación sobre el cáncer colorrectal ha avanzado más, al tomar como diana una bacteria oral. El cáncer de próstata se ha quedado atrás y, según el investigador principal Daniel Brewer, la razón es práctica: los organismos implicados nunca se habían caracterizado adecuadamente. «Un biomarcador solo es útil si se puede medir», afirmó, «y no se puede medir un organismo que no tiene genoma ni prueba».

Para clínicos e investigadores, la ganancia es concreta, aunque no inmediata. El primer autor, Abraham Gihawi, explicó que los genomas permiten ahora desarrollar pruebas para detectar estas bacterias en muestras clínicas, averiguar cómo cultivarlas y estudiar sus genes. El equipo ya ha validado una prueba de ADN que detecta una especie con precisión. Queda por resolver si alguna de estas bacterias provoca enfermedades agresivas y si tratarlas cambiaría el desenlace. El estudio se describe como una fase inicial, y los investigadores sostienen que los archivos de secuenciación de centros oncológicos de todo el mundo podrían contener más pruebas de este tipo.