DNA tumorale scartato rivela 18 nuove specie batteriche

Da qualche parte negli archivi della ricerca sul cancro si accumula una grande mole di dati per la cui raccolta qualcuno ha pagato e che nessuno ha guardato due volte. Ogni volta che si sequenzia un tumore o un campione di sangue, una piccola parte delle letture non appartiene affatto a un essere umano. Vengono filtrate come «rumore» e scartate. I ricercatori dell'Università dell'East Anglia (UEA) hanno deciso di esaminare quella mole di dati e vi hanno trovato 18 nuove specie batteriche.

Il metodo è una sorta di puzzle genetico. Il team ha usato l'assemblaggio metagenomico, che ricostruisce interi genomi a partire da frammenti brevi di materiale genetico misto, applicandolo a 2.176 set di dati di sequenziamento del Pan Prostate Cancer Group, un consorzio di ricercatori di nove Paesi che dispone di dati molecolari su più di 2.000 tumori della prostata. Da questi frammenti hanno recuperato 249 genomi batterici quasi completi provenienti da 194 pazienti. Ventiquattro di essi non corrispondevano ad alcuna specie registrata. La maggior parte degli organismi proveniva dalla bocca e il genere più frequentemente recuperato è stato Porphyromonas, che comprende il principale batterio responsabile della malattia gengivale. Il team ha attribuito nomi provvisori formali a 16 dei nuovi organismi, tra cui Candidatus Porphyromonas leptis, Candidatus Treponema oralis e Candidatus Nanosyncoccus prostatocharitus. Il termine Candidatus indica un batterio descritto soltanto a partire dal suo genoma, prima che qualcuno sia riuscito a coltivarlo in laboratorio.

Il contesto spiega perché la scoperta sia importante. Si sa già che i batteri orali svolgono ruoli in altre parti del corpo e, nel 2022, il team della UEA aveva riferito che gli uomini portatori di un insieme di batteri anaerobi, diversi dei quali provenienti dalla bocca, avevano più del doppio di probabilità che il loro tumore progredisse. La ricerca sul cancro al colon è andata oltre, considerando un batterio orale come bersaglio terapeutico. Il cancro alla prostata è rimasto indietro e, secondo il ricercatore responsabile Daniel Brewer, il motivo è pratico: gli organismi coinvolti non erano mai stati caratterizzati in modo adeguato. «Un biomarcatore è utile solo se lo si può misurare», ha dichiarato, «e non si può misurare un organismo che non ha né genoma né test».

Per clinici e ricercatori il guadagno è concreto, anche se non immediato. Il primo autore Abraham Gihawi ha spiegato che i genomi ora rendono possibile sviluppare test per questi batteri nei campioni clinici, capire come coltivarli e studiarne i geni. Il team ha già convalidato un test del DNA che rileva una specie con precisione. Resta una questione aperta se uno di questi batteri favorisca la forma aggressiva della malattia e se trattarli cambierebbe l'esito. Lo studio stesso è descritto come una fase iniziale, e i ricercatori affermano che gli archivi di sequenziamento dei centri oncologici di tutto il mondo potrebbero contenere altre prove del genere.