L'ADN jeté des cancers cache 18 nouvelles espèces bactériennes

Quelque part dans les archives de la recherche sur le cancer dort une énorme masse de données pour lesquelles on a payé, et que personne n'a jamais vraiment examinée. Chaque fois qu'une tumeur ou un échantillon sanguin est séquencé, une petite part des lectures n'appartient à aucun humain. Elles sont filtrées comme « bruit » et jetées. Des chercheurs de l'université d'East Anglia (UEA) ont décidé de fouiller cette masse, et y ont découvert 18 nouvelles espèces bactériennes.

La méthode s'apparente à un puzzle génétique. L'équipe a utilisé l'assemblage métagénomique, qui reconstitue des génomes complets à partir de courts fragments de matériel génétique mélangé, et l'a appliqué à 2 176 jeux de données de séquençage du Pan Prostate Cancer Group, un consortium de chercheurs issus de neuf pays, qui détient des données moléculaires sur plus de 2 000 cancers de la prostate. À partir de ces fragments, elle a récupéré 249 génomes bactériens presque complets provenant de 194 patients. Vingt-quatre d'entre eux ne correspondaient à aucune espèce répertoriée. La plupart des organismes provenaient de la bouche, et le genre le plus fréquemment retrouvé était Porphyromonas, qui comprend la principale bactérie responsable de la maladie parodontale. L'équipe a attribué des noms provisoires officiels à 16 des nouveaux organismes, dont Candidatus Porphyromonas leptis, Candidatus Treponema oralis et Candidatus Nanosyncoccus prostatocharitus. Le terme Candidatus désigne une bactérie décrite uniquement à partir de son génome, avant que quiconque ait réussi à la cultiver en laboratoire.

Le contexte explique l'importance de cette découverte. On sait déjà que les bactéries buccales jouent un rôle ailleurs dans l'organisme, et en 2022, l'équipe de l'UEA avait indiqué que les hommes porteurs d'un ensemble de bactéries anaérobies, dont plusieurs issues de la bouche, avaient plus de deux fois plus de risques de voir leur cancer progresser. La recherche sur le cancer colorectal est allée plus loin, en faisant d'une bactérie buccale une cible thérapeutique. Le cancer de la prostate a pris du retard, et selon le chercheur principal Daniel Brewer, la raison est pratique : les organismes concernés n'avaient jamais été correctement caractérisés. « Un biomarqueur n'est utile que si l'on peut le mesurer, a-t-il déclaré, et on ne peut pas mesurer un organisme qui n'a ni génome ni test. »

Pour les cliniciens et les chercheurs, le gain est concret, même s'il n'est pas immédiat. Le premier auteur, Abraham Gihawi, a indiqué que les génomes permettent désormais de développer des tests pour détecter ces bactéries dans des échantillons cliniques, de déterminer comment les cultiver et d'étudier leurs gènes. L'équipe a déjà validé un test ADN qui détecte une espèce avec précision. Savoir si l'une de ces bactéries favorise une forme agressive de la maladie, et si la traiter modifierait l'issue, reste une question ouverte. L'étude elle-même est décrite comme un travail de stade précoce, et les chercheurs estiment que les archives de séquençage des centres de lutte contre le cancer du monde entier pourraient receler d'autres preuves de ce type.