Tumeurs ovariennes : une IA repère un défaut de réparation de l'ADN

Dans un laboratoire du King's College de Londres, un ordinateur a appris à lire ce que le microscope montre, mais qu'un anatomopathologiste peut difficilement distinguer : la trace discrète d'un système de réparation de l'ADN défaillant à l'intérieur de cellules de cancer de l'ovaire. Le modèle, baptisé HRDPath, travaille à partir d'images haute résolution de lames de tissus, et non de l'ADN. Dans une étude publiée dans Nature Communications, l'équipe indique qu'il a correctement identifié environ 91 % des cas HRD-positifs.

La cible est le déficit de recombinaison homologue, ou HRD, un défaut parmi les plus importants du carcinome séreux tubo-ovarien de haut grade, un cancer agressif qui se développe dans les ovaires ou les trompes de Fallope. Les cellules cancéreuses présentant un HRD, qui peut résulter de mutations dans des gènes comme BRCA1 et BRCA2, réparent mal l'ADN endommagé. Cette faiblesse les rend plus vulnérables à la chimiothérapie à base de platine et à une classe de médicaments appelés inhibiteurs de PARP ; savoir qui en est porteur oriente donc le choix du traitement. Aujourd'hui, cette information provient d'une analyse génétique que les chercheurs décrivent comme coûteuse, longue et difficile d'accès dans les établissements de santé aux ressources limitées.

HRDPath procède par étapes : il extrait de petites zones de chaque lame, transforme chacune en un ensemble de caractéristiques numériques à l'aide d'un modèle appelé RetCCL, puis apprend à prédire le statut HRD à partir de ces caractéristiques. Les chercheurs ont aussi remarqué des différences visibles que le modèle semble repérer : les cancers HRD-positifs avaient tendance à présenter des noyaux cellulaires plus arrondis et des cellules cancéreuses plus densément regroupées dans certaines zones tumorales. Les auteurs suggèrent que les défauts de réparation de l'ADN laissent des traces physiques dans le tissu tumoral, des traces que l'examen classique peine peut-être à reconnaître.

Ce chiffre doit être replacé dans son contexte. Le taux de 91 % provient des tests propres à l'étude, et il est d'autant plus fiable que plusieurs images d'une même patiente sont considérées ensemble. Les chercheurs affirment qu'il faudra poursuivre les travaux pour valider le modèle sur des populations de patientes plus nombreuses, sans donner de calendrier pour cette étape.

Pour les patientes, le gain potentiel concerne la portée. Si le statut HRD peut être lu de façon fiable à partir d'images de tissus que les hôpitaux produisent déjà, moins de femmes auraient peut-être besoin d'un test génétique distinct avant une décision thérapeutique, et des cliniques aux moyens limités pourraient tout de même identifier les candidates à la chimiothérapie à base de platine et aux inhibiteurs de PARP. Cet avenir dépend de la validation plus large que l'équipe doit encore mener, et l'étude n'annonce aucun déploiement clinique.