Une carte cellulaire relie Crohn pédiatrique à la réponse

Une biopsie peut révéler davantage qu’un diagnostic. Dans l’intestin grêle de 14 enfants non traités atteints de la maladie de Crohn, des chercheurs ont cartographié l’activité de cellules individuelles et découvert des profils associés à la gravité de la maladie et à la réponse ultérieure au traitement anti-TNFα. Ces travaux, menés par des scientifiques parmi lesquels Kyle Kimler et Leslie Kean, de l’Hôpital pour enfants de Boston, ont produit un atlas cellulaire contenant 94 451 cellules.

L’équipe a utilisé le séquençage de l’ARN unicellulaire, une technique qui mesure l’activité des gènes cellule par cellule, plutôt que de faire la moyenne des signaux sur l’ensemble d’un échantillon de tissu. Elle a également développé ARBOL, un outil bioinformatique accessible au public qui divise de manière répétée les données en groupes plus restreints afin de construire des arbres d’états cellulaires. Les chercheurs ont comparé les échantillons de patients atteints de la maladie de Crohn à 13 biopsies d’enfants souffrant de troubles gastro-intestinaux non inflammatoires et examiné les biopsies répétées de huit patients atteints de la maladie de Crohn après traitement.

Le profil observé ne se résumait pas à un type de cellule qui aurait mal fonctionné. Les formes plus sévères de la maladie présentaient une hausse des cellules immunitaires pro-inflammatoires, notamment des lymphocytes T, des cellules tueuses naturelles cytotoxiques, ainsi que des sous-ensembles de monocytes et de macrophages. Dans le même temps, les cellules spécialisées sur le plan métabolique qui tapissent l’intestin normal étaient moins représentées. Ces profils cellulaires observés au diagnostic étaient liés à la gravité clinique qui contribuait à déterminer si les enfants recevraient des traitements anti-TNFα, ainsi qu’au caractère complet ou partiel de leur réponse au traitement.

L’atlas met également en évidence un avertissement concernant la résistance au traitement. Lorsque les données pédiatriques ont été combinées à un atlas unicellulaire d’adultes atteints de la maladie de Crohn et recevant un traitement, le traitement anti-TNF était associé à un déplacement de l’écosystème cellulaire de l’enfant vers l’état plus sévère et résistant au traitement souvent observé chez les adultes. Ce résultat décrit un profil cellulaire ; il n’établit pas que le traitement cause la résistance.

Pour les enfants et les cliniciens, l’intérêt pratique réside dans la possibilité de mieux trier les risques plus tôt : une biopsie réalisée au diagnostic pourrait un jour aider à déterminer qui pourrait avoir besoin d’un traitement anti-TNF, qui ne pourrait y répondre que partiellement et qui serait peu susceptible d’en bénéficier. La présente étude n’établit ni test clinique ni règle de décision thérapeutique. Sa cohorte de patients non traités était limitée par des critères d’inclusion stricts, la durée du suivi et la difficulté à recruter des patients suffisamment tôt ; elle représentait la démographie des troubles gastro-intestinaux inflammatoires et fonctionnels à Seattle. Les auteurs n’ont pas non plus pu relier directement les résultats à des facteurs génétiques ou environnementaux comme le microbiome intestinal, les infections ou l’alimentation.