Une IA conçoit des virus qui tuent des bactéries, en laboratoire

Selon la couverture de l'étude, les chercheurs ont imprimé 302 génomes écrits par l'IA sous forme de brins d'ADN et les ont mélangés à des bactéries Escherichia coli. Certains ont tué leurs cibles. Les travaux, dirigés par Samuel King, doctorant à l'université Stanford, avec l'Arc Institute, viennent d'être publiés dans la revue Science.

L'équipe n'est pas partie de rien. Elle s'est appuyée sur ΦX174, un bactériophage naturel, c'est-à-dire un virus qui infecte les bactéries, dont le génome compte environ 5 386 paires de bases (les lettres de l'ADN) et code 11 gènes. Les modèles d'IA, baptisés Evo, sont des modèles de langage appliqués au génome, entraînés à lire la structure des séquences génétiques. Le premier modèle Evo, publié dans Science, a été entraîné sur 2,7 millions de génomes de procaryotes et de phages. Pour le projet sur les phages, les deux modèles ont ensuite été affinés sur environ 15 000 génomes de la famille des Microviridae.

Générer un génome n'était que la première étape. L'équipe a effectué plusieurs cycles de filtrage informatique et expérimental avant d'imprimer quoi que ce soit. L'un des phages conçus, baptisé Evo-Φ36, portait une protéine raccourcie qui ne fonctionnait pas auparavant lorsqu'elle était introduite dans le virus naturel. Selon la couverture de l'étude, 16 génomes fonctionnels ont été conçus de toutes pièces. Une prépublication était parue sur bioRxiv en septembre 2025, avant la publication dans la revue.

La question de la biosécurité découle directement de la technique. Les chercheurs Thomas Inglesby et Moritz Hanke, du Center for Health Security de Johns Hopkins, estiment que les règles de sécurité encadrant ce type de travaux n'existent pas encore. Stanford et l'Arc Institute ont déposé une demande de brevet provisoire couvrant les méthodes, sur laquelle les inventeurs sont nommés.

Les laboratoires de biologie gagnent un outil de conception : au lieu de modifier un virus existant, un modèle propose des séquences de génomes complets à fabriquer et à tester. La MIT Technology Review présente ces travaux comme une nouvelle façon d'envisager la biologie, et ses reportages indiquent que la vie générée par l'IA « n'est pas encore » une réalité, mais qu'elle « pourrait l'être ». Aucune date d'utilisation concrète, aucun prix et aucune application au-delà des bactéries n'ont été annoncés à ce jour.