Les plans des tumeurs pourraient prédire la réponse à l’immunothérapie

Dans une biopsie tumorale, l’indice décisif pourrait moins être un gène donné que la manière dont des milliers de cellules s’organisent. À l’Université de Chicago, l’équipe d’Arjun Raman a établi des « plans » statistiques de tumeurs à partir de la transcriptomique spatiale et les a utilisés pour prédire quels patients atteints d’un cancer du poumon non à petites cellules répondraient le mieux à l’immunothérapie, en comparaison avec le biomarqueur de référence actuel.

La transcriptomique spatiale enregistre à la fois l’activité des gènes et leur emplacement dans les tissus. Cela compte, car les cellules tumorales n’agissent pas seules : elles se regroupent en voisinages locaux, ou groupes spatiaux, et ces groupes interagissent pour former des structures plus vastes. Raman compare cette organisation à une nuée d’oiseaux : les comportements individuels contribuent à une forme collective.

L’équipe a appliqué cette méthode à des données publiées portant sur 262 tumeurs solides. Au lieu de comparer les tumeurs uniquement en fonction de leurs populations cellulaires ou de leurs gènes, les chercheurs ont comparé leurs groupes spatiaux et les ont positionnées dans un « espace latent » statistique, une représentation issue de l’intelligence artificielle dans laquelle les organisations tumorales les plus similaires sont les plus proches.

Le test portait sur 16 échantillons tumoraux provenant de patients atteints d’un cancer du poumon non à petites cellules, fournis par le laboratoire de Marina Garassino à UChicago, ainsi que sur plus de 200 autres tumeurs et des informations cliniques concernant la réponse aux traitements. Les chercheurs ont indiqué que la comparaison fondée sur l’organisation spatiale prédisait correctement la réponse à l’immunothérapie, avec de meilleurs résultats que le biomarqueur de référence existant. Les mesures proviennent de l’analyse de l’équipe de recherche ; la source ne fait état ni d’une réplication indépendante ni d’un essai clinique.

Qu’est-ce que cela change, concrètement ? Si cette approche se confirme dans de prochaines études, un oncologue pourrait un jour établir le profil d’une biopsie individuelle, comparer son organisation à des profils tumoraux connus et obtenir en quelques heures une estimation de la réponse au traitement. Cela reste un objectif pour l’avenir, et non un service actuellement disponible : Raman étend ses travaux au cancer de l’ovaire et à la chimiothérapie, tout en explorant des profils de référence synthétiques que d’autres chercheurs pourraient utiliser à des fins de comparaison.