Au labo, des codes-barres Raman distinguent 20 variants du SARS-CoV-2

Dans un laboratoire du Centre d'ingénierie biomédicale de l'université médicale du Kansai, au Japon, de l'ARN a été prélevé sur 20 souches du SARS-CoV-2 et mesuré une à une par spectroscopie Raman. Chaque souche a laissé une signature moléculaire qui lui est propre. L'équipe, dirigée par Giuseppe Pezzotti, professeur de renom, a publié les résultats en ligne dans la revue Advanced Science le 30 septembre 2026.

Suivre les variants d'un virus revient depuis longtemps à lire son code génétique lettre par lettre. C'est le séquençage de l'ARN, qui donne la séquence exacte des nucléotides, mais qui exige des instruments spécialisés, un traitement long des échantillons et une analyse informatique. Les chercheurs rappellent que l'ARN viral est plus qu'une suite de quatre bases : il se replie en structures tridimensionnelles complexes, grâce aux interactions entre nucléotides voisins. Ces structures secondaires peuvent influer sur le comportement de l'ARN, et elles peuvent différer alors que la composition globale semble identique.

La spectroscopie Raman capte les vibrations des molécules, et l'équipe s'en est servie pour lire le squelette, les cycles du ribose, les liaisons phosphate et les bases azotées de chaque ARN. Après déconvolution mathématique, toutes les souches partageaient les mêmes signaux caractéristiques, mais des différences subtiles et reproductibles apparaissaient entre elles. Ces différences ne s'expliquaient pas par la proportion des quatre bases, car les séquences génomiques des souches présentaient des fractions de bases très semblables. L'équipe a codé les caractéristiques spectrales sous forme de codes-barres Raman. L'analyse en composantes principales classique ne donnait qu'une séparation limitée, tandis que les codes-barres ont différencié les 20 souches et sous-variants. Les bandes étaient liées à des caractéristiques de la structure secondaire de l'ARN, comme la formation d'épingles à cheveux et la longueur des tiges.

L'intérêt pratique tient surtout à la rapidité. Les chercheurs écrivent que l'analyse Raman pourrait caractériser l'ARN viral sans séquençage complet, ce qui permettrait un criblage rapide des variants émergents pendant les flambées, les épidémies ou dans les services de soins intensifs, où une information rapide compte le plus. Les équipes de santé publique et les cliniciens seraient les premiers à en bénéficier si la méthode leur parvient, et les auteurs la présentent comme une couche d'information supplémentaire venant s'ajouter au séquençage. Pour y parvenir, il faudra de nouveaux développements technologiques, une automatisation et une intégration à l'intelligence artificielle, et l'équipe ne donne aucune échéance.

Les limites sont aussi claires que le résultat. Les 20 souches ont été étudiées sous forme d'ARN extrait en laboratoire, et non à partir d'échantillons cliniques prélevés sur des patients. L'équipe ne communique ni coût, ni dispositif, ni calendrier, et aucun test n'est encore disponible pour les hôpitaux ou les laboratoires.